Menyusul upaya NERV yang gagal untuk mengambil Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Perantaraan Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar dapat dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3—sebuah pemukiman selamat yang bebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan menyadari masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dari hari-harinya sebagai pilot Evangelion.
Sementara itu, NERV bersiap untuk melanjutkan Proyek Instrumentalitas melalui Dampak baru. Ketika kapal perang udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa dia dapat membantu dengan mengemudikan Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pertarungan antara WILLE dan NERV semakin dekat, masa depan Bumi berada di ujung tanduk. Bisakah Shinji menyelamatkan umat manusia dan seluruh dunia untuk terakhir kalinya?
