Sepuluh tahun telah berlalu sejak berakhirnya Bakumatsu, era perang yang menyaksikan pemberontakan warga melawan Keshogunan Tokugawa. Kaum revolusioner ingin menciptakan masa damai dan negara berkembang yang bebas dari penindasan. Era baru Meiji telah tiba, namun perdamaian belum tercapai. Pedang dilarang tetapi orang masih dibunuh di jalanan. Anak-anak yatim piatu yang menjadi veteran perang tidak punya tempat untuk pergi, sementara pemerintah tampaknya puas hanya mengisi kantong mereka dengan uang.
Seorang samurai pengembara, Kenshin Himura, masih bekerja untuk memastikan nilai-nilai yang dia perjuangkan sepadan dengan nyawa yang dihabiskan untuk mewujudkan era baru. Pernah dikenal sebagai Hitokiri Battousai, ia ditakuti sebagai pembunuh paling kejam dari semua kaum revolusioner. Kini dihantui oleh rasa bersalah, Kenshin bersumpah tidak akan membunuh lagi sebagai penebusan atas nyawa yang ia ambil, dan ia mungkin tidak akan pernah merasakan kedamaian hingga pembunuhan menjadi masa lalu.
Sekarang di tahun ke-11 Meiji, Kenshin menemukan Kaoru Kamiya, pemilik dan kepala instruktur dojo kecil yang diancam akan menutup pintunya. Kepolisian tidak berdaya menghentikan serangkaian pembunuhan yang dilakukan atas nama dojo-nya oleh seorang pria yang mengaku sebagai Battousai yang terkenal. Pengembaraan Kenshin terhenti sejenak saat dia bergabung dengan Kaoru untuk membersihkan nama mereka berdua. Tapi berapa lama dia bisa bertahan sebelum masa lalunya menyusulnya?
